El corazón de los crocodílidos presenta características únicas dentro de los reptiles, ya que cuenta con cuatro cámaras (dos aurículas y dos ventrículos) completamente separadas, al igual que el corazón de las aves y los mamíferos.

Este tipo de corazón (tetracameral) es más eficiente debido a que separa la sangre oxigenada de la desoxigenada; a pesar de que -bajo determinadas condiciones- cierto volumen de sangre puede mezclarse a través de una abertura llamada forámen de Panizza, que existe entre los arcos aórticos.

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En reposo, la presión sanguínea es similar en ambos ventrículos, con lo que se evita el pasaje de sangre entre los mismos. Un aumento de presión en el ventrículo izquierdo mantiene cerrada la válvula aurículo-ventricular,  y la sangre oxigenada ingresa al arco aórtico izquierdo a través del forámen de Panizza.

Durante una inmersión (cuando se sumergen en el agua), se incrementa la presión en el ventrículo derecho lo que provoca que la válvula auriculo-ventricular se abra y permita el ingreso de sangre desoxigenada al arco aórtico izquierdo, desde donde es dirigida a las vísceras. De esta manera, la circulación prioriza el aporte de oxígeno a los órganos vitales y a la cabeza, dejando en segundo plano a las vísceras y a la región posterior del cuerpo, que reciben la sangre mezclada.